Ved lupus anbefales vaccinationer oftest, men med visse forholdsregler.

Man bør så vidt muligt undgå at blive vaccineret under et sygdomsudbrud, men det er muligt, hvis det er nødvendigt.

I tilfælde af langvarig kortikosteroidbehandling, mere end 10 mg prednison pr. dag, og især i tilfælde af immunsuppressiv behandling er levende svækkede vacciner kontraindiceret på grund af risikoen for en stærk reaktion på vaccinen (vaccine mod gul feber, varicella zoster, røde hunde, mæslinger og fåresyge). Orale polio- og BCG-vacciner, som også er levende vacciner, anbefales aldrig i voksenalderen.

Indtagelse af binyrebarkhormon og især immundæmpende behandling kan nedsætte vacciners effektivitet,men er ikke kontraindicerende for brugen af dem (undtagen i tilfælde af levende svækkede virusvacciner).

Nogle vacciner anbefales kraftigt, især hvis en immunsuppressiv behandling ordineres for en lang periode: vaccination mod COVID-19, influenzavaccination, pneumokokvaccination.

Da HPV-infektioner er mere almindelige hos lupuspatienter, kan unge lupusdrenge og -piger tilbydes HPV-vaccination, ideelt set før den seksuelle debut.

Der er blevet talt meget om risikoen for forekomst eller udbrud af lupus eller andre autoimmune sygdomme efter vaccination mod hepatitis B-vaccinen. Epidemiologiske undersøgelser har ikke bekræftet, at der er en sikker forbindelse. Hvis det af erhvervsmæssige årsager eller på grund af risiko for eksponering er nødvendigt at vaccinere mod hepatitis B, er det muligt. Undertiden er det dog nødvendigt med flere injektioner for at opnå tilstrækkelig vaccinationsdækning.