Sin tratamiento, el lupus progresa en brotes, alternando con fases de calma relativa. Desgraciadamente, este curso "natural", sin un tratamiento adecuado, puede conducir no sólo a daños irreversibles en los órganos afectados por la enfermedad, en particular los riñones (insuficiencia renal) y el cerebro, sino que también puede poner en peligro la vida del paciente.

Bajo tratamiento, el lupus suele evolucionar hacia la "remisión": desaparición de las manifestaciones clínicas y mejora de ciertos signos biológicos, como el nivel de anticuerpos anti-ADN. Sin embargo, los anticuerpos antinucleares suelen seguir presentes, incluso cuando el lupus está completamente controlado. El objetivo es mantener la "remisión" con una terapia de dosis mínima (tratamiento mínimo eficaz).

Esto suele implicar un tratamiento con antimaláricos sintéticos (como la hidroxicloroquina, la cloroquina) que se debe tomar varios años después de alcanzar la remisión.

También se prescriben a largo plazo cortisona y a veces inmunosupresores.

Si el tratamiento se sigue bien, sin interrupciones inoportunas, el riesgo de brotes es menor, y son más raros. Un tratamiento precoz y suficientemente intensivo de los brotes permite limitar considerablemente las secuelas y evitar un desenlace fatal que a día de hoy es muy raro.