En la mayoría de los casos, los trastornos digestivos no están relacionados con el lupus. El tracto digestivo rara vez se ve afectado durante esta enfermedad. Los trastornos digestivos suelen estar relacionados con los medicamentos, como la toma de antiinflamatorios, antimaláricos sintéticos o inmunosupresores. Puede haber acidez, náuseas, dolor abdominal, mala digestión o incluso diarrea. Algunos síntomas son temporales, especialmente los relacionados con la toma de antimaláricos sintéticos, que desaparecen espontáneamente tras unas semanas de tratamiento. En otros casos, la acidez puede justificar una fibroscopia gastroduodenal, para asegurar la ausencia de inflamación o una úlcera de la mucosa. El estrés, la ansiedad, el tabaco y el alcohol son también causas frecuentes de trastornos digestivos. Más excepcionalmente, puede producirse una afectación vascular por inflamación o trombosis de los vasos digestivos. Los pacientes describen entonces "calambres" en el abdomen durante la digestión. También puede tratarse de una colopatía funcional ("intestino irritable"), como puede observarse en la población general.