Es poco frecuente. Un accidente cerebrovascular relacionado con un coágulo que obstruye una arteria del cerebro (trombosis) puede complicar el lupus. Esta trombosis suele revelar un síndrome antifosfolipídico asociado al lupus, pero también una posible aterosclerosis acelerada (desarrollo de una placa de ateroma que puede desprenderse y obstruir una arteria del cerebro). La prevención de las recaídas se basa en un tratamiento anticoagulante prolongado cuyo objetivo es un INR (índice internacional normalizado) entre 2 y 3, o incluso entre 3 y 3,5 en el contexto del síndrome antifosfolipídico.

Si este ictus se debe a la aterosclerosis, se tratará como un ictus normal, abordando los factores de riesgo vascular y la prescripción de agentes antiagregantes. A veces es difícil distinguirlo del ictus que puede afectar a la población en general (complicación de la aterosclerosis).