Durante el lupus, la mayoría de las veces se recomiendan las vacunas, pero con algunas precauciones.

Debe evitarse en lo posible vacunarse durante un brote de la enfermedad, pero es posible hacerlo si es necesario.

En caso de tratamiento prolongado con glucocorticoides, superior a 10 mg al día de prednisona, y especialmente en caso de tratamiento inmunodepresor, las vacunas vivas atenuadas están contraindicadas por el riesgo de una fuerte reacción a la vacuna (la vacuna contra la fiebre amarilla, la varicela zoster, la rubeola, el sarampión y las paperas). Las vacunas orales contra la poliomielitis y la BCG, que también son vacunas vivas, nunca se recomiendan en la edad adulta.

La toma de glucocorticoides, y especialmente de inmunodepresores, puede disminuir la eficacia de las vacunas, pero no contraindica su uso (excepto en el caso de las vacunas de virus vivos atenuados).

Se recomiendan encarecidamente algunas vacunas, especialmente si hay un tratamiento inmunodepresor prescrito durante mucho tiempo: vacunación contra el COVID-19, vacunación contra la gripe, vacunación contra el neumococo.

Dado que las infecciones por el virus del papiloma son más frecuentes en los pacientes con lupus, se puede ofrecer a los jóvenes con lupus la vacunación contra el VPH, especialmente antes de las primeras relaciones sexuales.

Se ha hablado mucho del riesgo de aparición o de inicio de lupus, o de otras enfermedades autoinmunes, tras la vacunación con la vacuna de la hepatitis B. Los estudios epidemiológicos no han confirmado la existencia de un vínculo definitivo. Si por motivos laborales, o por riesgo de exposición, es necesario vacunarse contra la hepatitis B, es posible hacerlo. Sin embargo, a veces serán necesarias posteriores inyecciones para proporcionar una cobertura suficiente.