Patienter med systemiske autoimmune sygdomme spørger nogle gange sig selv om muligheden for at donere deres organer. Dette er et vigtigt spørgsmål, som de biomedicinske agenturer behandler på nationalt plan. Patienter med systemiske autoimmune sygdomme kan generelt donere deres organer til transplantation, forudsat at det pågældende organ ikke er påvirket af selve den autoimmune sygdom.

Hvad angår ren kutan lupus, respekterer den de indre organer, så organdonation er fuldt ud muligt. Når det drejer sig om systemisk lupus, afhænger det hele af de organer, der er ramt af sygdommen. De former for lupus der primært påvirker hud og led er normalt ikke ledsaget af skader på hjerte, lunger, nyrer eller lever, og organdonation er da mulig. Ved mere alvorlige former, der f.eks. påvirker nyrerne, er organdonation ofte ikke mulig.

For en lupusform, der påvirker nyrerne, men ikke hjertet og lungerne, er det dog muligt at donere hjertet og lungerne, selv om patienten har taget binyrebarkhormon eller immundæmpende medicin.

Man skal naturligvis også tage hensyn til sygdomme, der kan være forbundet med en autoimmun sygdom, og som kan være kontraindicerende for organdonation, f.eks. diabetes, der kan påvirke hjerte og nyrer, eller lungeskader, der f.eks. kan være relateret til tobaksrygning. Den samme argumentation kan anvendes på alle systemiske autoimmune sygdomme. Holdningen til organdonation er langsigtet, selv om den kan ændres når som helst. Patienter med autoimmune sygdomme er først og fremmest borgere som alle andre, og derfor bør deres personlige overvejelser ikke adskille sig fra dette:

"Vil jeg være donor eller ej? Når jeg har truffet mit valg, fortæller jeg mine kære om det for at hjælpe dem, hvis en læge en dag stiller dem dette spørgsmål. "