Uden behandling udvikler lupus sig i faser med udbrud (flares) afløst af faser med relativ ro. Desværre kan dette "naturlige" forløb uden den rette behandling ikke blot føre til uoprettelige skader på de organer, der er påvirket af sygdommen, især nyrerne (nyresvigt) og hjernen, men kan også sætte patientens liv på spil.

Under behandling udvikler lupus sig normalt i retning af "remission": det vil sige af de kliniske tegn på lupus mindskes og der sker ofte en bedring af de biokemiske parametre, såsom niveauet af anti-dsDNA-antistoffer. ANA er ofte fortsat til stede, selv når lupus er fuldstændig kontrolleret. Målet er at opretholde "remission" med et minimum af behandling (mindste dosering af en effektiv behandling). som skal tages flere år efter, at remission er opnået.

Binyrebarkhormon og undertiden immundæmpende medicin ordineres også på lang sigt.

Hvis behandlingen tages som orrdineret og uden uhensigtsmæssige afbrydelser, er risikoen for opblussen i sygdommen mindre og antallet af opblussen færre. En tidlig og tilstrækkelig intensiv behandling af et udbrud (flare) gør det muligt at begrænse følgesygdommene betydeligt og undgå dødeligt udfald, som i dag er blevet meget sjældent.

Binyrebarkhormon og undertiden immundæmpende medicin ordineres også på lang sigt. Hvis behandlingen tages som orrdineret og uden uhensigtsmæssige afbrydelser, er risikoen for opblussen i sygdommen mindre og antallet af opblussen færre. En tidlig og tilstrækkelig intensiv behandling af et udbrud (flare) gør det muligt at begrænse følgesygdommene betydeligt og undgå dødeligt udfald, som i dag er blevet meget sjældent.