Det er sjældent direkte relateret til sygdomsaktivitet. Ikke desto mindre klager patienter med lupus ofte over hovedpine. Oftest er der tale om såkaldt "spændingshovedpine", der skyldes stress og ikke direkte relateret til lupus (bortset fra at stress kan være relateret til at have en kronisk sygdom).

Nogle gange er det migræne, som er ensidig og kan ledsages af synsforstyrrelser eller bihulebetændelse, som ikke har noget med lupus at gøre. Sjældent kan hovedpine være tegn på en komplikation, der specifikt er relateret til lupus, såsom slagtilfælde (stroke) eller forhøjet blodtryk. I disse tilfælde virker de sædvanlige smertebehandlinger sjældent på hovedpinen, den varer ved i flere dage og ofte ledsages af andre symptomer. Det er nødvendigt hurtigt at konsultere din læge, som efter en detaljeret klinisk undersøgelse vil vurdere om der er behov for yderligere neurologiske undersøgelser (CT-skanning eller MR-skanning af hjernen).