Det er sjældent. Et slagtilfælde, der skyldes en blodprop, der tilstopper en arterie i hjernen (trombose), kan komplicere lupus. Denne trombose skyldes som oftest antifosfolipidsyndrom, der er associeret med lupus, men også en mulig accelereret åreforkalkning (udvikling af et plaque, der kan løsne sig og tilstoppe en arterie i hjernen). Forebyggelsen af tilbagefald er baseret på en langvarig blodfortyndende behandling, der sigter mod en INR (internationalt normaliseret ratio) mellem 2 og 3, eller endog mellem 3 og 3,5 i forbindelse med antifosfolipidsyndrom.

Hvis slagtilfældet skyldes åreforkalkning, vil det blive behandlet som et almindeligt slagtilfælde, idet der fokuseres på vaskulære risikofaktorer. Det er undertiden svært at skelne tilfældet fra et slagtilfælde, der kan ramme den almindelige befolkning (komplikation af åreforkalkning).