I de fleste tilfælde er fordøjelsesforstyrrelser ikke relateret til lupus. Fordøjelseskanalen er sjældent påvirket af lupus. Fordøjelsesforstyrrelser skyldes oftest medicinering, f.eks. indtagelse af antiinflammatoriske midler, syntetiske antimalariamidler eller immundæmpende medicin. Der kan forekomme halsbrand, kvalme, mavesmerter, dårlig fordøjelse eller endog diarré. Nogle symptomer er midlertidige, især dem, der er relateret til indtagelse af syntetiske antimalariamidler, og de forsvinder oftest spontant efter et par ugers behandling. I andre tilfælde kan halsbrand berettige en gastroskopi (kikkert undersøgelse af mavesækken) for at sikre, at der ikke er tale om inflammation eller sår i slimhinden. Stress, angst, tobak og alkohol er også almindelige årsager til fordøjelsesforstyrrelser. Sjældnere kan der forekomme involvering af blodkarrene i fordøjelseskanalen i form af inflammation eller trombose. Patienterne beskriver typisk "kramper" i maven efter indtag af mad. Der kan også være tale om funktionel irritation af tyktarmen ("irritabel tyktarm"), som også ses i den almindelige befolkning.