Sense tractament, el lupus progressa a brots, els quals s’alternen amb fases de calma relativa. Malauradament, aquest curs "natural", sense un tractament adequat, pot provocar no només danys irreversibles als òrgans afectats per la malaltia, en particular els ronyons (insuficiència renal) i el cervell, sinó que també pot posar en perill la vida del pacient.

Amb tractament, el lupus sol evolucionar cap a la "remissió": la desaparició de manifestacions clíniques i la millora de certs indicadors biològics, com el nivell d'anticossos anti-ADN. No obstant això, els anticossos antinuclears sovint romanen presents, fins i tot quan el lupus està completament controlat. L'objectiu és mantenir la "remissió" amb una dosi mínima de teràpia (tractament mínim eficaç).

Normalment, això implica un tractament amb antimalàrics sintètics (com la hidroxicloroquina, cloroquina) que cal prendre diversos anys abans no s’ha aconseguit la remissió.

També es prescriuen a llarg termini la cortisona i, de vegades, els immunosupressors.

Si se segueix bé el tractament, sense interrupcions inoportunes, el risc de brot és menor, i és més rar. El tractament precoç i prou intensiu dels brots fa possible limitar-ne considerablement les seqüeles i evitar un desenllaç fatal que avui dia és molt rar.