En la majoria dels casos, els trastorns digestius no estan relacionats amb el lupus. El tracte digestiu rarament es veu afectat durant aquesta malaltia. Els trastorns digestius es relacionen més sovint amb medicaments, com ara el fet de prendre antiinflamatoris, antimalàrics sintètics o immunosupressors. Es poden produir cremors, nàusees, dolor abdominal, digestió deficient o, fins i tot, diarrea. Alguns símptomes són temporals, especialment els que estan relacionats amb la presa d'antimalàrics sintètics; uns símptomes que desapareixen espontàniament després d'unes setmanes de tractament. En altres casos, les cremors poden justificar una fibroscòpia gastroduodenal, per descartar l'absència d'inflamació o una úlcera a la mucosa. L'estrès, l'ansietat, el tabac i l'alcohol també són causes comunes de trastorns digestius. Més excepcionalment, es pot produir una implicació vascular per inflamació o trombosi dels vasos digestius. Els pacients descriuen "rampes" a l'abdomen durant la digestió. També pot ser una colopatia funcional ("intestí irritable"), com es pot observar en la població general.