El dolor causat pel lupus té diverses causes. En el lupus, són freqüents els dolors articulars (artràlgies o artritis) i els dolors musculars (miàlgies o miositis). Aquests trastorns articulars i musculars són inflamatoris i, en la majoria dels casos, es poden alleujar amb tractaments antiinflamatoris o, fins i tot, amb immunomoduladors. També poden sorgir dolors toràcics que augmenten en respirar: corresponen a una inflamació del pericardi o la pleura que envolta el cor i els pulmons respectivament; aquests dolors disminueixen amb un tractament adequat.

El dolor pot ser difús i angoixant, no relacionat amb la inflamació, cosa que fa pensar en una fibromiàlgia associada amb el lupus.

De vegades, els pacients es queixen d’un dolor més difús, amb la impressió que "tot els fa mal". Aquests dolors s'associen sovint amb una gran fatiga i dificultats per dur a terme les tasques diàries, de vegades, amb altres símptomes, com ara trastorns de concentració i de memorització.

Quan ens enfrontem a aquesta mena de manifestacions, primer hem d'assegurar-nos que no hi hagi inflamació relacionada amb el lupus. Si no es detecta cap anomalia, llavors cal considerar una "alteració" del control del dolor per part del cervell. Aquest trastorn s’anomena "fibromiàlgia". La fibromiàlgia associada amb el lupus no suposa cap risc particular de dany o destrucció d’òrgans, però els dolors que realment sent el pacient són particularment angoixants, a causa de la seva llarga durada i de l’eficàcia limitada dels medicaments per al dolor. És important estar tranquil i no augmentar el tractament amb cortisona o immunosupressors per a aquesta mena de dolor, ja que no seran efectius. No obstant això, l'ús de medicaments que es prescriuen per a la depressió o l'epilèpsia poden tenir un efecte analgèsic útil. De vegades, l'ajuda d'un psicòleg i un psiquiatre també pot ser beneficiosa, així com procurar una bona condició física.

De vegades, el dolor difús pot estar relacionat amb el fet de retirar la cortisona de forma brusca. De fet, quan el cos s'ha "acostumat" a prendre cortisona, les glàndules suprarenals (que normalment produeixen cortisona destinada al nostre cos), entren en repòs. Per tant, la retirada brusca (que cal evitar absolutament) de qualsevol ingesta de corticoesteroides causarà dolor (especialment dolor muscular, de vegades a l'abdomen) i una forta fatiga, perquè el cos no ha estat capaç de reprendre amb prou rapidesa la producció de cortisona "endògena". El seu metge en podrà fer el diagnòstic ràpidament i li prescriurà urgentment una dosi adequada de cortisona.

En el cas de gastroenteritis benigna, si no es manté la cortisona oral a dosis baixes, és absolutament necessari subministrar-la de forma injectable durant un o dos dies. Això també s’aplica en cas d’intervencions quirúrgiques que requereixin estar en dejú.