Durant el lupus, les vacunes es recomanen amb més freqüència, però amb algunes precaucions.

La vacunació s'ha d'evitar el màxim possible durant una aparició de la malaltia, però es pot fer si és necessari.

En el cas de la teràpia amb corticoesteroides a llarg termini, més de 10 mg per dia de prednisona, i especialment en el cas de la teràpia immunosupressora, les vacunes vives atenuades estan contraindicades pel risc d'una forta reacció a la vacuna (la vacuna contra la febre groga, la varicel·la zòster, la rubèola, el xarampió i les galteres). Les vacunes orals de la poliomielitis i la BCG, que també són vacunes vives, mai es recomanen en l'edat adulta.

El consum de corticoides, i especialment immunosupressors, pot disminuir l'eficàcia de les vacunesperò no en contraindica el seu ús (excepte en el cas de les vacunes vives atenuades).

Algunes vacunes són molt recomanades, especialment si hi ha un tractament immunosupressor prescrit durant molt de temps: vacunació contra la COVID-19, vacunació contra la grip, vacunació pneumocòccica.

Atès que les infeccions per papil·lomavirus són més comunes en pacients amb lupus, als nois i noies joves amb lupus se'ls pot oferir la vacunació contra el VPH, idealment abans de les primeres relacions sexuals.

S'ha parlat molt del risc d’aparició o inici de lupus, o altres malalties autoimmunes, després de la vacunació amb la vacuna de l'hepatitis B. Els estudis epidemiològics no han confirmat l'existència d'un vincle definit. Si per motius laborals, o risc d'exposició, és necessària la vacunació contra l'hepatitis B, és possible fer-ho. Tanmateix, a vegades es necessitaran més injeccions per a proporcionar una cobertura de vacunació suficient.