Un protocol d'investigació és un estudi que té com a objectiu millorar el coneixement de la freqüència d’aparició, els mecanismes i el tractament d'una malaltia.

Es fa una distinció entre els protocols de recerca bàsica, que tenen com a objectiu millorar la comprensió de les causes de la malaltia, i els protocols de recerca clínica i terapèutica, els objectius de la qual són comprendre millor la malaltia i provar nous tractaments, o estratègies terapèutiques en comparació amb un tractament de referència o placebo.

La inclusió en un d'aquests protocols només es pot produir després d'obtenir l'acord del pacient que ha llegit un full d'informació i ha signat un consentiment informat. La implementació d'un protocol de recerca requereix la cerca d'un patrocinador, l'obtenció de l'acord d'un comitè assessor per a la protecció de les persones, i l'obtenció de finançament per a la implementació i execució pràctica de l'estudi. Els protocols de recerca en lupus sistèmic són cada vegada més nombrosos.

Sovint es tracta de protocols europeus o internacionals. En els últims 15 anys, han donat lloc a molts avenços en la gestió i el coneixement de noves dianes terapèutiques. En l'actualitat, hi ha una gran esperança en l'avaluació de nous fàrmacs que modifiquen el sistema immunitari.