Tokom lupusa, vakcinacija se najčešće preporučuje, ali uz određene mere opreza.

Vakcinaciju treba izbegavati koliko god je to moguće tokom aktivnog pogoršanja bolesti, ali je moguća ako je neophodna.

U slučaju dugotrajne terapije kortikosteroidima, u dozama većim od 10 mg prednizona dnevno, a posebno u slučaju terapije imunosupresivima, žive atenuisane vakcine su kontraindikovane zbog rizika od jake reakcije na vakcinu (vakcine protiv žute groznice, varičela-zostera, rubeole, malih boginja i zauški). Oralna vakcina protiv dečije paralize i BCG vakcina, koje su takođe žive vakcine, nikada se ne preporučuju u odraslom dobu.

Uzimanje kortikosteroida, a posebno imunosupresiva, može smanjiti efikasnost vakcina,ali ne predstavlja kontraindikaciju za njihovu upotrebu (osim u slučaju živih atenuisanih vakcina).

Neke vakcine su posebno preporučene, naročito ako se imunosupresivni tretman primenjuje duže vreme: vakcina protiv COVID-19, vakcina protiv gripa i vakcina protiv pneumokoka.

Pošto su infekcije humanim papiloma virusom (HPV) češće kod pacijenata sa lupusom, mladim dečacima i devojčicama sa lupusom može se ponuditi HPV vakcina, idealno pre prvih seksualnih odnosa.

Mnogo se raspravljalo o riziku od nastanka lupusa ili drugih autoimunih bolesti nakon vakcinacije protiv hepatitisa B. Epidemiološke studije nisu potvrdile postojanje jasne veze. Ako je, iz profesionalnih razloga ili zbog rizika od izloženosti, vakcinacija protiv hepatitisa B neophodna, ona je moguća. Međutim, ponekad će biti potrebne dodatne doze kako bi se obezbedila dovoljna imunizacija.