Istraživački protokol je studija čiji je cilj unapređenje znanja o učestalosti pojavljivanja, mehanizmima i lečenju bolesti.

Pravi se razlika između osnovnih istraživačkih protokola, koji imaju za cilj bolje razumevanje uzroka bolesti, i kliničkih i terapijskih istraživačkih protokola, čiji je cilj bolje razumevanje bolesti i testiranje novih tretmana ili terapijskih strategija u poređenju sa referentnim tretmanom ili placebom.

Uključivanje u jedan od ovih protokola moguće je samo uz saglasnost pacijenta, koji prethodno pročita informativni dokument i potpiše informisani pristanak. Sprovođenje istraživačkog protokola zahteva pronalaženje sponzora, dobijanje saglasnosti savetodavnog odbora za zaštitu osoba i obezbeđivanje finansijskih sredstava za realizaciju i praktično izvođenje studije.

Istraživački protokoli u vezi sa sistemskim lupusom postaju sve brojniji. Često su to evropski ili međunarodni protokoli. Tokom poslednjih 15 godina doveli su do značajnih napredaka u razumevanju bolesti i identifikaciji novih terapeutskih ciljeva. Velike nade polažu se u nove imunomodulatorne lekove koji su trenutno u fazi evaluacije.