Sem tratamento, o lupus progride em agudizações (flares), alternando com fases de relativa calma. Infelizmente, este curso "natural", sem tratamento adequado, é suscetível de levar não só a danos irreversíveis nos órgãos afetados pela doença, em particular nos rins (insuficiência renal) e no cérebro, mas também pode pôr em risco a vida do doente.

Sob tratamento, o lupus evolui normalmente para a "remissão": desaparecimento dos sinais clínicos e melhoria de certos sinais biológicos, tais como o nível de anticorpos anti-ADN. No entanto, os anticorpos antinucleares permanecem frequentemente presentes, mesmo quando o lupus está completamente controlado. O objetivo é manter a "remissão" com uma terapêutica em dose mínima (tratamento mínimo eficaz).

Isto geralmente significa tratamento com antimaláricos sintéticos (como a hidroxicloroquina, , cloroquina) a ser tomado vários anos depois de se conseguir a remissão.

A cortisona e por vezes os imunossupressores também são prescritos a longo prazo.

Se o tratamento for bem seguido, sem interrupções inoportunas, o risco por crises é menor, e são mais raras. O tratamento precoce e suficientemente intensivo das crises permite limitar consideravelmente as sequelas e evitar um resultado fatal que se tornou muito raro hoje em dia.