A perda de cabelo (em termos médicos "alopecia"), geralmente espalhada por todo o couro cabeludo, acompanha por vezes a atividade do lupus. Regride sem sequelas com o tratamento geral da doença. Mas o recrescimento é lento. Por outro lado, quando o lupus discóide leva a áreas localizadas de alopecia, o recrescimento é incerto. Se a queda de cabelo ocorrer fora de uma agudização do lupus, outra causa deve ser procurada. Esta pode ser secundária a um medicamento (imunossupressor), deficiência de ferro ou de vitaminas, mau funcionamento da tiróide, excesso de testosterona (hiperandrogenismo), uma situação stressante ou, por vezes, estilo de cabelo (cabelo entrançado com alopecia de tração).

Finalmente, um aumento da queda de cabelo é comum em todas as mulheres no semestre seguinte ao parto. Não é, portanto, durante este período, sinónimo de atividade lupus.