Na maioria dos casos, as perturbações digestivas não estão relacionadas com o lupus. O trato digestivo é raramente afetado durante esta doença. Os distúrbios digestivos estão mais frequentemente relacionados com medicamentos, tais como a toma de anti-inflamatórios, antimaláricos sintéticos ou imunossupressores. Pode haver azia, náuseas, dores abdominais, má digestão, ou mesmo diarreia. Alguns sintomas são temporários, especialmente os relacionados com a toma de antimaláricos sintéticos, que desaparecem espontaneamente após algumas semanas de tratamento. Noutros casos, a azia pode justificar uma endoscopia gastroduodenal, para assegurar a ausência de inflamação ou uma úlcera da mucosa. O stress, a ansiedade, o tabaco e o álcool são também causas comuns de distúrbios digestivos. excecionalmente, pode ocorrer envolvimento vascular por inflamação ou trombose dos vasos digestivos. Nestas situações, os doentes descrevem então "cólicas" no abdómen durante a digestão. Pode também ser colopatia funcional ("intestino irritável"), como observado na população em geral.