É raro. Um AVC relacionado com um coágulo que obstrui uma artéria no cérebro (trombose) pode complicar o lupus. Esta trombose geralmente revela um síndrome antifosfolípido associado ao lupus, mas também uma possível aterosclerose acelerada (desenvolvimento de uma placa de ateroma que pode descolar e entupir uma artéria no cérebro). A prevenção de recaídas baseia-se num tratamento anticoagulante prolongado que visa um RNI (relação normalizada internacional) entre 2 e 3, ou mesmo entre 3 e 3,5 no contexto do síndrome antifosfolípido.

Se este AVC for devido a aterosclerose, será gerido como um AVC regular, visando os fatores de risco vascular e a prescrição de agentes antiagregantes. Por vezes é difícil diferenciar do AVC que afeta a população em geral (complicação da aterosclerose).