Raramente estão diretamente relacionadas com a atividade da doença. No entanto, os doentes com lupus queixam-se frequentemente de dores de cabeça. Na maioria das vezes, trata-se das chamadas dores de cabeça de "tensão" causadas pelo stress e não diretamente relacionadas com o lupus (exceto no stress poder estar relacionado com ter uma doença crónica).

Por vezes são enxaquecas unilaterais e por vezes precedidas por perturbações visuais, ou sinusite não relacionada com o lupus. Raramente, as dores de cabeça podem ser indicativas de uma complicação especificamente devida ao lupus, tal como um acidente vascular cerebral (AVC) ou tensão arterial elevada. Nestes casos, as dores de cabeça resistem (ou são resistentes) aos tratamentos habituais para a dor, persistem durante vários dias e são frequentemente acompanhadas por outros sintomas. É necessário consultar rapidamente o seu médico que, após um exame clínico detalhado, avaliará a necessidade de realizar exames neurológicos adicionais (TAC ou ressonância magnética cerebral).