Los riesgos están relacionados con la dosis acumulada en el organismo y la naturaleza del producto utilizado. Además, según el individuo, existe una mayor o menor tolerancia. Algunas personas toleran bien las dosis altas, mientras que otras tendrán efectos secundarios, incluso a dosis bajas. Hay formas de prevenir, o al menos disminuir, la intensidad de estos inconvenientes, llamados efectos secundarios o adversos. Los principales efectos secundarios son los siguientes: :

Hinchazón de la cara, aumento de peso, sobre todo al principio del tratamiento y para dosis elevadas: se recomienda evitar añadir sal, limitar los azúcares (tanto los rápidos como los lentos que están presentes en los alimentos feculentos: pasta, pan, arroz, patata, sémola...), no comer entre horas y no aumentar la ración de alimentos. Si esto ocurre, lo que no es ni mucho menos constante con una buena higiene alimentaria, desaparece gradualmente cuando disminuyen las dosis de glucocorticoides.

Presión arterial alta:se recomienda controlar regularmente la presión arterial, especialmente en caso de daño renal

Aumento del riesgo de infección:se recomienda estar al día en sus registros de vacunación y evitar el contacto con sujetos enfermos durante los períodos agudos de infección.

En los pacientes procedentes de zonas tropicales o que han pasado mucho tiempo en estas regiones, el inicio del tratamiento con glucocorticoides puede "despertar" parásitos presentes en el organismo, como por ejemplo la estrongiloidiasis. Este problema puede evitarse tomando un tratamiento antiparasitario antes de iniciar el tratamiento con cortisona.

Riesgo de diabetescontrol regular de los niveles de azúcar en sangre, especialmente al inicio del tratamiento.

Riesgo a largo plazo de fragilidad ósea (osteoporosis): Se recomienda tomar regularmente calcio, vitamina D y, a veces, fármacos que favorezcan la reconstrucción ósea, como los bisfosfonatos (especialmente después de la menopausia), así como hacer ejercicio con regularidad.

Fragilidad cutánea vascular con posibilidad de aparición de "moratones" por impactos y marcas de estrías.

Osteonecrosis avascular, es decir, la reducción de la circulación sanguínea en los huesos largos, que puede deberse al propio lupus, a los anticuerpos antifosfolipídicos y/o a los glucocorticoides

Atrofia de ciertos músculos: se recomienda realizar regularmente ejercicios de fuerza y deportes.

Aumento del riesgo cardiovascular y de la aterosclerosis, especialmente en el caso de dosis altas o moderadas de glucocorticoides (superiores a 5-7,5 mg/kg)

Riesgo de cataratas: riesgo de cataratas y de glaucoma (aumento de la presión ocular): se recomienda realizar una revisión oftalmológica anual, que incluya la medición de la presión intraocular. Estos riesgos son mayores cuando los glucocorticoides se administran a largo plazo.

En contra de la creencia popular, los glucocorticoides no tienen un efecto perjudicial para el estómago (a diferencia de los antiinflamatorios no esteroideos y la aspirina en dosis elevadas). Sin embargo, se puede añadir un protector gástrico cuando los glucocorticoides se administran en combinación con una pequeña dosis de aspirina. A nivel cólico, los glucocorticoides pueden favorecer la sobreinfección de los divertículos intestinales. Por último, hay que tener en cuenta que la interrupción brusca del tratamiento con glucocorticoides conlleva un riesgo de insuficiencia suprarrenal, especialmente si este tratamiento se ha tomado durante mucho tiempo.