Aproximadamente el 20-40% de los pacientes adultos con lupus y el 30-80% de los niños desarrollan daño renal. Esto es más frecuente en asiáticos y pacientes de ascendencia africana que en caucásicos.

El resultado de la biopsia renal definirá la gravedad de esta afectación renal y dictará en gran medida el tratamiento necesario para controlarla. Las formas graves de nefritis lúpica (denominadas proliferativas) justifican un tratamiento que combina corticoides inicialmente a dosis elevadas (prednisona: 0,5 a 1 mg/kg/día) y tratamiento inmunosupresor (micofenolato mofetilo o ciclofosfamida), además de hidroxicloroquina, que reducirá la inflamación del riñón.

Esta estrategia terapéutica permite mejorar casi siempre el daño renal del lupus, a menudo incluso curarlo, o al menos estabilizarlo. El beneficio se observa sobre todo a largo plazo. Por este motivo, es importante continuar con el tratamiento inmunosupresor durante un tiempo prolongado (al menos 2 años). A veces es necesario realizar una biopsia renal de control al cabo de unos meses para comprobar la eficacia del tratamiento. Si tiene la tensión arterial alta, o si persiste una proteinuria importante incluso sin hipertensión, se le recetará un medicamento que reduzca la tensión arterial y la presión en los filtros renales, para reducir la fuga de proteínas a la orina y proteger el riñón (lo que se denomina "nefroprotección").

Sigue existiendo un riesgo de recaída que requiere un seguimiento regular y el uso continuado de hidroxicloroquina, aunque se haya suspendido el tratamiento inmunosupresor.

En raras ocasiones, a pesar de todos estos tratamientos, el daño renal puede seguir empeorando, lo que lleva gradualmente a la necesidad de un trasplante de riñón o de diálisis (esto se denomina insuficiencia renal "terminal" para decir que los riñones ya no realizan en absoluto sus funciones de depuración).