Během lupusu se nejčastěji doporučuje očkování, ale s určitými opatřeními.

Očkování je třeba se v době vzplanutí nemoci co nejvíce vyhýbat, ale v případě potřeby je možné.

V případě dlouhodobé léčby kortikosteroidy, více než 10 mg prednisonu denně, a zejména v případě imunosupresivní léčby jsou kontraindikovány živé oslabené vakcíny z důvodu rizika silné reakce na vakcínu (vakcína proti žluté zimnici, varicella zoster, zarděnkám, spalničkám a příušnicím). Perorální vakcíny proti dětské obrně a BCG, které jsou rovněž živými vakcínami, se v dospělosti nikdy nedoporučují.

Užívání kortikosteroidů a zejména imunosupresiv může snížit účinnost vakcínale není kontraindikací jejich použití (s výjimkou vakcín proti živým oslabeným virům).

Některá očkování se důrazně doporučují, zejména pokud je dlouhodobě předepsána imunosupresivní léčba: očkování proti COVID-19, očkování proti chřipce, očkování proti pneumokokům.

Vzhledem k tomu, že papilomavirové infekce jsou u pacientů s lupusem častější, může být mladým chlapcům a dívkám s lupusem nabídnuto očkování proti HPV, ideálně před prvním pohlavním stykem.

O riziku výskytu nebo nástupu lupusu nebo jiných autoimunitních onemocnění po očkování vakcínou proti hepatitidě B bylo řečeno mnoho. Epidemiologické studie existenci jednoznačné souvislosti nepotvrdily. Pokud je z profesních důvodů nebo z důvodu rizika expozice nutné očkování proti hepatitidě B, je to možné. Někdy však bude potřeba více injekcí, aby bylo zajištěno dostatečné očkovací pokrytí.