Výzkumný protokol je studie, jejímž cílem je zlepšit znalosti o četnosti výskytu, mechanismech a léčbě určitého onemocnění.

Rozlišují se protokoly základního výzkumu, jejichž cílem je lépe porozumět příčinám nemoci, a protokoly klinického a terapeutického výzkumu, jejichž cílem je lépe porozumět nemoci a testovat nové léčebné postupy nebo terapeutické strategie ve srovnání s referenční léčbou nebo placebem.

Zařazení do některého z těchto protokolů je možné pouze po získání souhlasu pacienta, který si přečetl informační list a podepsal informovaný souhlas. Realizace výzkumného protokolu vyžaduje nalezení sponzora, získání souhlasu poradního výboru pro ochranu osob a získání finančních prostředků na realizaci a praktické provedení studie.

Výzkumných protokolů v oblasti systémového lupusu je stále více. Často se jedná o evropské nebo mezinárodní protokoly. Za posledních 15 let vedly k mnoha pokrokům v léčbě a poznání nových terapeutických cílů. Velké naděje jsou v současné době vkládány do nových imunomodulačních léků, které se vyhodnocují.