Els pacients amb malalties autoimmunes sistèmiques a vegades es pregunten la possibilitat de donar els seus òrgans. Es tracta d'una qüestió important que les agències de biomedicina aborden a nivell nacional. Els pacients amb malalties autoimmunes sistèmiques poden, en general, donar els seus òrgans per al trasplantament, sempre que l'òrgan en qüestió no es vegi afectat per la pròpia malaltia autoimmune.

Pel que fa al lupus cutani pur, respecta els òrgans interns, de manera que la donació d'òrgans és perfectament possible. Quan es tracta d’un lupus sistèmic, tot depèn dels òrgans afectats per la malaltia. Les formes cutàneo-articulars del lupus no solen anar acompanyades de danys cardíacs, pulmonars, renals o hepàtics i, per tant, la donació d'òrgans és possible. Per a formes més severes que afectarien el ronyó, per exemple, sovint no és possible la donació d'òrgans.

No obstant això, en el cas d’una forma que afecta el ronyó, però no afecta el cor i el pulmó, la donació de cor i pulmons és bastant possible, encara que el pacient hagi estat prenent corticoides o immunosupressors.

Per descomptat, també s'han de tenir en compte les malalties que poden estar associades a una malaltia autoimmune i que poden contraindicar la donació d'òrgans, com la diabetis que pot afectar el cor i el ronyó, o els danys pulmonars relacionats amb el tabac, per exemple. El mateix raonament es pot aplicar a totes les malalties autoimmunes sistèmiques. El posicionament davant la donació d'òrgans és a llarg termini, encara que es pugui revocar en qualsevol moment. Els pacients amb malalties autoimmunes són, en primer lloc, ciutadans com qualsevol altre i, per tant, la seva reflexió

personal no ha de ser diferent de: "Soc donant o no? Un cop he fet la meva elecció, ho dic als meus éssers estimats per ajudar-los, en cas que algun dia un metge els hagi de fer aquesta pregunta sobre mi?".