Els riscos estan relacionats amb la dosi acumulada en l’organisme i la naturalesa del producte utilitzat. A més, depenent de l'individu, existeix una tolerància major o menor. Algunes persones toleraran bé dosis elevades, mentre que unes altres tindran efectes secundaris, fins i tot en dosis baixes. Hi ha maneres de prevenir, o si més no, de disminuir, la intensitat d'aquests inconvenients, anomenats efectes secundaris o efectes adversos. Els efectes secundaris principals són els següents: :

Inflor de la cara, augment de pes, especialment a l'inici del tractament i en dosis altes: es recomana evitar afegir sal, limitar els sucres (tant els ràpids com els lents, que estan presents en els aliments de midó: pasta, pa, arròs, patata, sèmola...), no menjar entre els àpats i no augmentar la ració alimentària. Si es produeix aquesta inflor i augment de pes, que està lluny de ser constant amb una bona higiene alimentària, desapareix gradualment quan disminueixen les dosis de cortisona.

Pressió arterial alta:es recomana controlar regularment la pressió arterial, especialment en cas de dany als ronyons.

Augment de risc d'infecció:es recomana portar al dia els seus registres de vacunació i evitar el contacte amb persones malaltes durant els períodes aguts d'infecció.

En pacients procedents de zones tropicals o que hagin passat molt de temps en aquestes regions, iniciar el tractament amb cortisona pot "despertar" paràsits presents al cos, com per exemple l'estrongiloidiasi. Aquest problema es pot prevenir prenent un tractament antiparasitari abans de començar el tractament amb cortisona.

Risc de diabetis:control regular dels nivells de sucre en sang, especialment al començament del tractament.

Risc a llarg termini de fragilitat òssia (osteoporosi): es recomana prendre regularment calci, vitamina D i, de vegades, fàrmacs que afavoreixen la reconstrucció òssia, com els bifosfonats (especialment després de la menopausa), així com fer exercici regularment.

Fragilitat cutània vascular amb la possibilitat d'aparició de "morats" per impactes i marques d'estries.

Osteonecrosi avascular, és a dir, la reducció de la circulació de la sang en ossos llargs, que pot ser a causa del mateix lupus, dels anticossos antifosfolípids i/o dels corticoesteroides.

Atròfia d’alguns músculs: es recomana realitzar de forma regular exercicis de força i esport.

Augment del risc cardiovascular i ateroesclerosi, particularment per una dosi alta/moderada de corticoesteroides (superior a 5-7,5 mg/kg).

Risc de cataractes: risc de cataractes i glaucoma (augment de la pressió ocular): es recomana tenir una revisió oftalmològica cada any, incloent-hi la mesura de la pressió intraocular. Aquests riscos són majors quan es prescriu la cortisona durant molt de temps.

Contràriament a la creença popular, els corticoesteroides no tenen un efecte perjudicial en l'estómac (a diferència dels medicaments antiinflamatoris no esteroidals i l'aspirina a dosis altes). No obstant això, es pot afegir un protector gàstric quan es prenen corticoesteroides en combinació amb una petita dosi d'aspirina. Pel que fa als còlics, els corticoesteroides poden afavorir la sobreinfecció dels diverticles intestinals. Finalment, cal assenyalar que la interrupció brusca del tractament amb corticoesteroides comporta un risc d'insuficiència suprarenal, especialment si aquest tractament s'ha pres durant molt de temps.