A causa de la seva alta heterogeneïtat, el lupus sovint requereix una gran experiència per ser diagnosticat, tenint en compte tots els aspectes dels símptomes i paràmetres biològics.
Els especialistes es guien a partir de la seva experiència i criteris de classificació, els quals van ser dissenyats inicialment per a finalitats de recerca científica, per construir el seu diagnòstic.
La comunitat científica internacional ha definit uns criteris de classificació per permetre el diagnòstic del lupus sistèmic.
S'han proposat dues classificacions principals (vegeu l'Annex 2). El del Col·legi Americà de Reumatologia (ACR), que té 11 criteris.
La presència d'almenys 4 d'aquests 11 criteris fa possible classificar un pacient com a malalt de lupus sistèmic. Els criteris ACR/EULAR 2000, on un pacient pot ser classificat de Lupus Sistèmic quan aconsegueix una puntuació de 10 o més si es compleixen els criteris d'entrada.
El diagnòstic del lupus es basa en la comparació dels senyals clínics i biològics de la malaltia.
Un diagnòstic formal de vegades pot trigar diversos mesos.