Al voltant del 20-40% dels pacients adults amb lupus i del 30-80% dels nens presenten danys als ronyons. Això és més comú en asiàtics i pacients d'ascendència africana que en caucàsics.

El resultat de la biòpsia renal definirà la gravetat d'aquesta afectació renal i dictarà en gran manera el tractament necessari per controlar-la. Les formes greus de nefritis lúpica (anomenades proliferatives) justifiquen un tractament que combina corticoesteroides a dosis inicialment altes (prednisona: 0,5 a 1 mg/kg/dia) amb un tractament immunosupressor (micofenolat de mofetil o ciclofosfamida), a més de la hidroxicloroquina, que reduirà la inflamació del ronyó.

Aquesta estratègia terapèutica permet millorar gairebé sempre el dany renal del lupus, sovint fins i tot curar-lo, o si més no, estabilitzar-lo. El benefici s’observa sobretot a llarg termini. Per aquesta raó, és important continuar la teràpia immunosupressora durant molt de temps (almenys 2 anys). A vegades, és necessari dur a terme una biòpsia renal de control al cap d'uns mesos per comprovar l'eficàcia del tractament. Si pateix hipertensió, o si persisteix una proteïnúria important fins i tot sense hipertensió, se li receptarà un medicament que redueix la pressió arterial i la pressió en els filtres renals, per reduir la pèrdua de proteïna a l'orina i per protegir el ronyó (això s'anomena "nefroprotecció"). Encara existeix un risc de recaiguda que requereix un seguiment regular i un ús continu de la hidroxicloroquina, encara que s’hagi suspès la teràpia immunosupressora.

Poques vegades, malgrat tots aquests tractaments, el dany renal pot continuar empitjorant, cosa que conduirà gradualment a la

necessitat d’un trasplantament o diàlisi renal (això s'anomena insuficiència renal" terminal", perquè els ronyons ja no realitzen les seves funcions de purificació).