Autoimuna bolest je posledica hiperaktivnosti imunološkog sistema koji prelazi svoju osnovnu ulogu odbrane od spoljašnjih agenasa i napada sopstvene ćelije tela. Bele krvne ćelije, koje nazivamo limfociti, "neuobičajeno" se aktiviraju spoljnim faktorima koji remete imunološki sistem pacijenata sa genetskom predispozicijom. Ovi aktivirani limfociti zatim napadaju tkiva, delujući ili direktno kao T limfociti, ili putem autoantitela koja proizvode B limfociti.

Ova agresija na tkiva izaziva upalnu reakciju koja uključuje i druge imunske ćelije (polimorfonuklearne ćelije i makrofage), čime se pojačavaju lezije.

Autoimune bolesti su česte i pogađaju ukupno 3-5% populacije u zemljama kao što je Francuska.

Šematski gledano, postoje dva glavna tipa automunih bolesti:

• Sistemske autoimune bolesti, tj. bolesti koje mogu zahvatiti više organa, kao što su reumatoidni artritis, sistemski eritematozni lupus, sistemska skleroza (sklerodermija), Sjögrenov sindrom i određeni vaskulitisi. Dok je reumatoidni artritis česta bolest (oko 3 miliona pacijenata u Evropi), druge bolesti su ređe, poput lupusa, koji pogađa oko 300.000 do 400.000 pacijenata u Evropi.

• Autoimune bolesti organa (tj. lokalizovane na jedan organ), kao što su dijabetes tipa 1 (pankreas), tireoiditis (štitna žlezda), multipla skleroza (oštećenje mozga i kičmene moždine), određena oštećenja jetre (bolesti jetre) ili oštećenja kože (bulozni pemfigoid). Među ovim stanjima, neka su česta kao što su dijabetes tipa 1 ili tireoiditis, dok su druga mnogo ređa, poput bolesti jetre. Ove bolesti mogu postojati samostalno ili u kombinaciji, kao što je primarna bilijarna ciroza sa sistemskom sklerozom (Rejnoldsov sindrom).