Da, nekoliko autoimunih bolesti može biti povezano sa sistemskim lupusom. Zajednička genetska osnova verovatno je uzrok ovih povezanosti.
Međutim, iako se Sjögrenov sindrom, koji se uglavnom ispoljava suvim ustima i/ili očima, može povezati sa lupusom u oko 20% slučajeva, obično je manje ozbiljan i manje onesposobljavajući nego izolovani Sjögrenov sindrom (takođe nazvan primarni). Slično tome, prisustvo antifosfolipidnih antitela je čest znak lupusa. Kada ova antitela izazovu stvaranje krvnih ugrušaka (tromboze), to se naziva antifosfolipidni sindrom, ali predstavlja specifičan klinički izraz bolesti. Što se tiče Raynaudovog fenomena to je jedan od simptoma koji se često opaža tokom sistemskog lupusa.
Ređe, sistemski lupus može biti povezan sa drugom autoimunom bolešću sa kliničkim ispljavanjem, kao što su reumatoidni artritis, sklerodermija ili inflamatorna miopatija. Ovo se naziva sindrom preklapanja (Sistemski lupus + druga bolest vezivnog tkiva).
Sistemski lupus može biti povezan sa drugim autoimunim bolestima, ali lupus je obično glavna dijagnoza. Ako postoji udruženi Sjögrenov sindrom, suve oči i usta se jednostavno leče. Ako postoje antifosfolipidna antitela koja uzrokuju trombozu, daju se antikoagulansi. Ako postoji tiroiditis sa hipotireozom, pacijentu se jednostavno daju hormoni štitne žlezde.