Koska lupus on hyvin heterogeeninen, sen diagnosointi vaatii usein paljon kokemusta, kun otetaan huomioon kaikki oireet ja biologiset parametrit. Asiantuntijat käyttävät diagnoosin laatimisessa kokemustaan ja luokittelukriteerejä, jotka on alun perin suunniteltu tieteellisiä tutkimustarkoituksia varten.
Kansainvälinen tiedeyhteisö on määritellyt luokittelukriteerit systeemisen lupuksen diagnosoimiseksi. On ehdotettu kahta pääluokitusta (ks. liite 2).
American College of Rheumatologyn (ACR) kriteerit, joita on 11.
Vähintään neljän näistä 11 kriteeristä täyttyessä potilas voidaan luokitella systeemistä lupusta sairastavaksi.
Vuoden 2000 ACR/EULAR-kriteerit, joiden mukaan potilas voidaan luokitella systeemiseksi lupukseksi, kun hän saavuttaa vähintään pistemäärän 10, jos kriteerit täyttyvät.
Lupusdiagnoosi perustuu taudin kliinisten ja biologisten oireiden vertailuun.
Virallinen diagnoosi voi joskus kestää useita kuukausia.