Se on harvinaista. Aivoverisuonen tukkeutumiseen liittyvä aivohalvaus (tromboosi) voi olla lupuksen komplikaatio. Tämä tromboosi paljastaa yleensä lupukseen liittyvän fosfolipidivasta-aineoireyhtymän, mutta se voi johtua myös etenevästä ateroskleroosista (valtimonrasvoittuman kehittyminen, joka voi irrota ja tukkia aivojen valtimon). Uusien tapahtumien ehkäisy perustuu pitkäkestoiseen antikoagulantti- eli verenohennushoitoon, jonka tavoitteena on INR-arvo (kansainvälinen normalisoitu suhdeluku), joka on välillä 2 ja 3 tai jopa 3 ja 3,5 fosfolipidivasta-aineoireyhtymän yhteydessä.

Jos aivohalvaus johtuu ateroskleroosista, sitä hoidetaan kuten tavallista aivohalvausta keskittyen verisuonten riskitekijöihin ja määrätään verihyytymiä ehkäiseviä aineita. Tässä tilanteessa on joskus vaikea tehdä eroa, onko kyseessä aivohalvaus, jota esiintyy yleisesti väestössä (ateroskleroosin komplikaatio).