Useimmissa tapauksissa ruoansulatushäiriöt eivät liity lupukseen. Ruuansulatuskanava on harvoin vaurioitunut tämän taudin aikana. Ruoansulatushäiriöt liittyvät useimmiten lääkitykseen, kuten tulehduskipulääkkeiden, synteettisten malarialääkkeiden tai immunosuppressanttien käyttöön. Voi esiintyä närästystä, pahoinvointia, vatsakipua, huonoa ruoansulatusta tai jopa ripulia. Jotkut oireet ovat tilapäisiä, erityisesti synteettisten malarialääkkeiden käyttöön liittyvät oireet, jotka häviävät itsestään muutaman viikon käytön jälkeen. Muissa tapauksissa närästys voi olla peruste gastroskopiaan, jolla varmistetaan, ettei limakalvolla ole tulehdusta tai haavaumaa. Stressi, ahdistus, tupakka ja alkoholi ovat myös yleisiä syitä ruoansulatushäiriöille. Poikkeustapauksissa voi esiintyä ruoansulatuskanavan verisuonten tulehduksen tai tromboosin aiheuttamaa verisuonitautia. Potilaat kuvaavat tällöin "kramppeja" vatsassa ruoansulatuksen aikana. Kyse voi olla myös toiminnallisesta suolistovaivasta eli ärtyvän suolen oireyhtymästä, kuten voidaan havaita yleisessä väestössä.