Pacienti se systémovými autoimunitními chorobami si někdy kladou otázku možnosti darování svých orgánů. Jedná se o důležitou otázku, kterou se na národní úrovni zabývají agentury pro biomedicínu. Pacienti se systémovými autoimunitními onemocněními mohou obecně darovat své orgány k transplantaci za předpokladu, že daný orgán není postižen samotným autoimunitním onemocněním.

Co se týče čistého kožního lupusu, ten nepoškozuje vnitřní orgány, takže darování orgánů je zcela možné. Pokud jde o systémový lupus, vše závisí na orgánech postižených touto nemocí. Kožně-artikulární formy lupusu obvykle nejsou doprovázeny poškozením srdce, plic, ledvin nebo jater a darování orgánů je pak možné. U těžších forem, které by postihly například ledviny, darování orgánů často možné není.

U formy, která by postihla ledviny, ale nepostihla by srdce a plíce, je však darování srdce a plic zcela možné, a to i v případě, že pacient užíval kortikosteroidy nebo imunosupresiva.

Samozřejmě je třeba vzít v úvahu i nemoci, které mohou být spojeny s autoimunitním onemocněním a které mohou být kontraindikací dárcovství orgánů, jako je cukrovka, která může postihnout srdce a ledviny, nebo například poškození plic v souvislosti s tabákem. Stejnou argumentaci lze použít pro všechna systémová autoimunitní onemocnění. Postavení vůči dárcovství orgánů je dlouhodobé, i když může být kdykoli odvoláno. Pacienti s autoimunitními chorobami jsou především občané jako všichni ostatní, a proto by se jejich osobní reflexe neměla od této lišit:

"Jsem dárce, nebo ne? Jakmile se jednou rozhodnu, řeknu o tom svým blízkým, abych jim pomohl pro případ, že by se jich lékař jednoho dne musel na tuto otázku zeptat. "