Lupus sırasında aşılar sıklıkla önerilir, ancak bazı önlemler alınmalıdır.

Hastalığın alevlendiği dönemlerde aşı yaptırmaktan mümkün olduğunca kaçınılmalıdır, ancak gerekli olması halinde aşı yaptırmak mümkündür.

Uzun süreli kortikosteroid tedavisi durumunda, günde 10 mg'dan fazla prednizon ve özellikle bağışıklık baskılayıcı tedavi durumunda, aşıya karşı güçlü bir reaksiyon riski nedeniyle canlı aşılar yapılamaz (sarı humma, varisella zoster, kızamıkçık, kızamık ve kabakulak aşısı). Yine canlı aşılar olan oral polio ve BCG aşıları yetişkinlikte asla önerilmez.

Kortikosteroidler ve özellikle bağışıklık sistemini baskılayan ilaçların alınması aşıların etkinliğini azaltabilir,ancak kullanımlarını mümkündür (canlı zayıflatılmış virüs aşıları hariç).

Özellikle uzun süre bağışıklık sistemini baskılayıcı bir tedavi uygulanacaksa bazı aşılar şiddetle tavsiye edilir: COVID-19 aşısı, grip aşısı, pnömokok aşısı.

Papillomavirüs enfeksiyonları lupus hastalarında daha yaygın olduğundan, genç lupuslu erkek ve kızlara ideal olarak ilk cinsel ilişkiden önce HPV aşısı önerilebilir.

Hepatit B aşısından sonra lupus ya da başka otoimmün hastalıkların ortaya çıkabileceği yönünde çok şey söylenmiştir. Ancak yapılan epidemiyolojik çalışmalar, kesin bir ilişki olduğunu doğrulamamıştır. Mesleki nedenlerle ya da maruziyet riski varsa, hepatit B aşısı yapılabilir. Bununla birlikte, yeterli bağışıklığın sağlanabilmesi için bazen daha fazla sayıda aşı dozu gerekebilir.