Bez tretmana, lupus napreduje u epizodama, koje se smenjuju sa fazama relativnog mira. Nažalost, ovaj „prirodni“ tok, bez odgovarajućeg lečenja, može dovesti ne samo do nepopravljivih oštećenja organa zahvaćenih bolešću, posebno bubrega (bubrežna insuficijencija) i mozga, već i da ugrozi život pacijenta.

Pod tretmanom, lupus obično evoluira prema „remisiji“: nestanak kliničkih znakova i poboljšanje određenih bioloških markera, kao što je nivo anti-DNA antitela. Međutim, antinuklearna antitela često ostaju prisutna, čak i kada je lupus potpuno kontrolisan. Cilj je održati

„remisiju“ uz minimalnu dozu terapije (minimalno efikasan tretman).

To obično podrazumeva terapiju sintetičkim antimalaricima (kao što su hidroksiklorokin, hlorokin) koji se uzimaju nekoliko godina nakon postizanja remisije. Takođe, kortikosteroidi i ponekad imunosupresivi se propisuju na duži period.

Cortisone and sometimes immunosuppressants are also prescribed longterm.

Ako se tretman pravilno sledi, bez preuranjenih prekida, rizik od epizoda je manji, a one su ređe. Rano i dovoljno intenzivno lečenje epizoda omogućava značajno smanjenje posledica i izbegavanje fatalnog ishoda, koji je danas postao veoma redak.