To je retko. Moždani udar povezan sa ugrušcima koji začepljuju arteriju u mozgu (tromboza) može biti komplikacija lupusa. Ova tromboza obično otkriva antifosfolipidni sindrom povezan sa lupusom, ali i moguću ubrzanu aterosklerozu (razvoj ateromskog plaka koji može da se odvoji i začepi arteriju u mozgu). Prevencija relapsa zasniva se na produženoj terapiji antikoagulansima, sa ciljem postizanja INR (međunarodni normalizovani odnos) između 2 i 3, ili čak između 3 i 3,5 u kontekstu antifosfolipidnog sindroma.

Ako je ovaj moždani udar uzrokovan aterosklerozom, biće tretiran kao običan moždani udar, sa ciljem smanjenja vaskularnih faktora rizika i propisivanja antiagregacionih lekova. Ponekad je teško napraviti razliku sa moždanim udarom koji može pogoditi opštu populaciju (komplikacija ateroskleroze).