U većini slučajeva, poremećaji varenja nisu povezani sa lupusom. Digestivni trakt je retko zahvaćen ovom bolešću. Poremećaji varenja su najčešće povezani sa lekovima, kao što su uzimanje nesteroidnih antiinflamatornih lekova, sintetičkih antimalarika ili imunosupresiva. Mogu se javiti gorušica, mučnina, bolovi u stomaku, loše varenje, pa čak i dijareja. Neki simptomi su privremeni, naročito oni povezani sa uzimanjem sintetičkih antimalarika, koji spontano nestaju nakon nekoliko nedelja lečenja. U drugim slučajevima, gorušica može zahtevati gastroduodenalnu endoskopiju kako bi se isključila upala ili čir na sluzokoži. Stres, anksioznost, duvan i alkohol takođe su česti uzroci poremećaja varenja. Ređe, može doći do vaskularnog zahvatanja zbog upale ili tromboze probavnih krvnih sudova. Pacijenti tada opisuju „grčeve“ u stomaku tokom varenja. Takođe može doći do funkcionalne kolopatije („iritabilni kolon“)kao što je to slučaj u opštoj populaciji.