Retko su direktno povezane sa aktivnošću bolesti. Ipak, pacijenti sa lupusom često se žale na glavobolje. Najčešće su to tzv. "tenzijske" glavobolje izazvane stresom i nisu direktno povezane sa lupusom (osim što stres može biti povezan sa postojanjem hronične bolesti).

Ponekad su to migrene koje su jednostrane i ponekad im prethode vizuelni poremećaji, ili sinusitis koji nije povezan sa lupusom. Retko, glavobolje mogu ukazivati na komplikaciju koja je specifično povezana sa lupusom, kao što je moždani udar ili visok krvni pritisak. U tim slučajevima, glavobolje odolevaju (ili su otporne ) na uobičajene tretmane za bol, traju nekoliko dana i često su praćene drugim simptomima. Potrebno je brzo konzultovati lekara koji će, nakon detaljnog kliničkog pregleda, proceniti potrebu za dodatnim neurološkim ispitivanjima (CT skener ili MRI mozga).