Fără tratament, lupusul evoluează cu pusee de activitate care alternează cu faze de calm relativ. Din nefericire, această evoluție "naturală", fără un tratament adecvat, riscă să ducă nu numai la afectarea ireversibilă a organelor, în special a rinichilor (insuficiență renală) și a creierului, ci poate pune în pericol și viața pacientului.

Sub tratament, lupusul evoluează de obicei spre "remisiune": dispar semnele clinice și se ameliorează anumite semne biologice, precum nivelul anticorpilor anti-ADN. Cu toate acestea, anticorpii antinucleari (ANA) rămân adesea prezenți, chiar și atunci când lupusul este complet controlat. Scopul este de a menține "remisiunea" cu o terapie cu doze minime de medicament (tratament minim eficient).

Acest lucru înseamnă, de obicei, un tratament cu antimalarice de sinteză (cum ar fi hidroxiclorochina, clorochina) care trebuie administrat mai mulți ani după obținerea remisiunii.

Deseori, atât cortizonul, cât și imunosupresoare sunt, prescrise pe termen lung.

Dacă tratamentul este bine urmat, fără întreruperi intempestive, riscul de apariție a puseelor de activitate scade, iar acestea vor fi mai rare. Tratamentul precoce și suficient de intensiv al crizelor permite limitarea considerabilă a sechelelor și evitarea unei evoluții fatale care a devenit foarte rară în prezent.