În cele mai multe cazuri, tulburările digestive nu au legătură cu lupusul. Tractul digestiv este rareori afectat în timpul acestei boli. Tulburările digestive sunt cel mai adesea legate de medicamente, cum ar fi administrarea de antiinflamatoare, antimalarice de sinteză sau imunosupresoare. Pot exista arsuri la stomac, greață, dureri abdominale, digestie deficitară sau chiar diaree. Unele simptome sunt temporare, în special cele legate de administrarea de antimalarice de sinteză, care dispar spontan după câteva săptămâni de tratament. În alte cazuri, arsurile la stomac pot justifica efectuarea unei endoscopii gastroduodenale, pentru a ne asigura că nu există inflamație sau ulcer al mucoasei. Stresul, anxietatea, tutunul și alcoolul sunt, de asemenea, cauze frecvente ale tulburărilor digestive. Excepțional, poate apărea o interesare vasculară prin inflamația sau tromboza vaselor digestive. În acest caz, pacienții descriu "crampe" în abdomen în timpul digestiei. De asemenea, poate fi vorba despre o afecțiune funcțională a colonului ("colon iritabil"), prezentă și în populația generală.