Foarte rar. Un accident vascular cerebral legat de un cheag care blochează o arteră din creier (tromboză) poate complica lupusul. Această tromboză relevă de obicei un sindrom antifosfolipidic asociat lupusului, dar și o posibilă ateroscleroză accelerată (adică dezvoltarea unei plăci de aterom care se desprinde și înfundă o arteră din creier). Prevenirea recidivelor se bazează pe un tratament anticoagulant prelungit care vizează un INR (raportul internațional normalizat) între 2 și 3, sau chiar între 3 și 3,5 în contextul unui sindrom antifosfolipidic.

Dacă accidentul vascular cerebral se datorează aterosclerozei, acesta va fi considerat și tratat ca un accident vascular cerebral obișnuit, vizând factorii de risc vascular și prescrierea de agenți antiagreganți. Uneori este dificil de diferențiat de accidentul vascular cerebral pe care îl dezvoltă populația generală (complicație aterosclerotică).