Os doente com doenças autoimunes sistémicas colocam por vezes a eles próprios a possibilidade de doarem os seus órgãos. Esta é uma questão importante que é tratada a nível nacional pelas Agências de Biomedicina. Os doentes com doenças autoimunes sistémicas podem, em geral, doar os seus órgãos para transplante, desde que o órgão em questão não esteja afetado pela própria doença autoimune.

Quanto ao lupus cutâneo puro, como respeita os órgãos internos, a doação de órgãos é perfeitamente possível. Quando se trata de lupus sistémico, tudo depende dos órgãos afetados pela doença. As formas cutâneas-articulares do lupus não são geralmente acompanhadas por lesões cardíacas, pulmonares, renais ou hepáticas, sendo então possível a doação de órgãos. Para formas mais graves que afetariam o rim, por exemplo, muitas vezes não é possível a doação de órgãos.

No entanto, para uma forma que afete o rim, mas que não afete o coração e pulmão, a doação do coração e pulmões é possível, mesmo que o doente tenha estado a tomar corticosteróides ou imunossupressores.

É claro que também se deve ter em conta doenças que podem estar associadas a uma doença autoimune e que podem contraindicar a doação de órgãos, tais como diabetes que podem afetar o coração e os rins, ou danos pulmonares relacionados com o tabaco, por exemplo. O mesmo raciocínio pode ser aplicado a todas as doenças autoimunes sistémicas. O posicionamento face à doação de órgãos é de longo prazo, mesmo que possa ser revogado em qualquer altura. Os doentes com doenças autoimunes são, antes de mais, cidadãos como qualquer outro e, portanto, a sua reflexão não deve ser diferente desta:

"Sou doador ou não? Uma vez feita a minha escolha, conto aos meus entes queridos para os ajudar, no caso de um dia um médico ter de lhes fazer esta pergunta sobre mim. »