No lupus, as vacinas são mais frequentemente recomendadas, mas com algumas precauções.

A vacinação deve ser evitada o mais possível durante uma crise da doença, mas é possível se necessário.

Em caso de terapêutica prolongada com corticosteróides, superior a 10 mg por dia de prednisona, e especialmente em caso de terapêutica imunossupressora, as vacinas vivas atenuadas estão contraindicadas devido ao risco de uma forte reação à vacina (vacina contra a febre amarela, varicela zoster, rubéola, sarampo e papeira). As vacinas orais contra a poliomielite e BCG, que também são vacinas vivas, nunca são recomendadas na idade adulta.

A toma de corticosteróides, e especialmente imunossupressores, pode diminuir a eficácia das vacinas,mas não contraindica a sua utilização (exceto no caso de vacinas vivas atenuadas do vírus).

Algumas vacinas são fortemente recomendadas, especialmente se houver um tratamento imunossupressor prescrito durante muito tempo: vacinação contra a COVID-19, vacinação contra a gripe, vacinação pneumocócica.

Uma vez que as infeções por papilomavírus são mais comuns em doentes com lupus, os doentes jovens com lupus rapazes e raparigas podem ser vacinados contra o HPV de preferência antes de iniciar relações sexuais.

Muito se tem falado sobre o risco de ocorrência ou início de lupus, ou outras doenças autoimunes, após a vacinação com a vacina contra a hepatite B. Os estudos epidemiológicos não confirmaram de uma forma definitiva a existência de uma ligação. Se, por razões profissionais, ou risco de exposição, a vacinação contra a hepatite B for necessária, ela é possível. No entanto, por vezes serão necessárias mais injeções para fornecer uma cobertura vacinal suficiente.