Bij lupus worden vaccinaties meestal aanbevolen, maar met enkele voorzorgsmaatregelen.

Tijdens een opvlamming van de ziekte moet vaccinatie zoveel mogelijk worden vermeden, maar het is mogelijk indien nodig.

In geval van langdurige behandeling met corticosteroïden, in dosering van meer dan 10 mg prednison per dag, en vooral in geval van immunosuppressieve therapie, zijn levende verzwakte vaccins gecontra-indiceerd vanwege het risico op een sterke reactie op het vaccin (het vaccin tegen gele koorts, varicella zoster, rodehond, mazelen en bof). Orale polio- en BCG-vaccins, die ook levende vaccins zijn, worden nooit aanbevolen op volwassen leeftijd.

Corticosteroïden en vooral immunosuppressiva kunnen de doeltreffendheid van vaccins verminderenmaar vormen geen contra-indicatie voor het gebruik ervan (behalve in het geval van vaccins met levend verzwakt virus).

Sommige vaccins worden sterk aanbevolen, vooral als er gedurende lange tijd een immunosuppressieve behandeling wordt voorgeschreven: vaccinatie tegen COVID-19, griepvaccinatie, pneumokokkenvaccinatie.

Aangezien papillomavirusinfecties vaker voorkomen bij lupuspatiënten, wordt aan jonge lupusjongens en -meisjes HPV-vaccinatie aangeraden, idealiter vóór de eerste seksuele relaties.

Er is veel gesproken over het risico van het ontstaan of het optreden van lupus, of andere auto-immuunziekten, na vaccinatie met het hepatitis B-vaccin. Epidemiologische studies hebben het bestaan van een duidelijk verband niet bevestigd. Indien vaccinatie tegen hepatitis B om beroepsredenen of vanwege het risico van blootstelling noodzakelijk is, is het mogelijk. Soms zullen echter meer injecties nodig zijn om voldoende vaccinatiedekking te bieden.