Uten behandling kan lupus i periode forverres med oppbluss avbrutt av faser med realtiv stabilitet. Dessverre kan dette "naturlige" forløpet, uten riktig behandling, føre til ikke bare irreversible skader på organene som er rammet av sykdommen, spesielt nyrene (nyresvikt) og hjernen, men kan også sette pasientens liv i fare.

Under behandling utvikler lupus seg vanligvis i retning av "remisjon": de kliniske tegnene forsvinner og visse biologiske tegn, som for eksempel nivået av anti-DNA-antistoffer, bedres. Antinukleære antistoffer forblir imidlertid ofte til stede, selv når lupus er fullstendig kontrollert. Målet er å opprettholde "remisjon" med en minimal dose behandling (minimum effektiv behandling).

Dette innebærer vanligvis behandling med syntetiske malariamedisiner (for eksempel hydroksyklorokin, klorokin) som skal tas flere år etter oppnådd remisjon.

Kortison og noen ganger immunsuppressiva foreskrives også på lang sikt.

Hvis behandlingen følges godt, uten utidige avbrudd, er risikoen for oppbluss lavere, og de er sjeldnere. Tidlig og tilstrekkelig intensiv behandling av oppbluss gjør det mulig å begrense følgetilstandene betraktelig og unngå dødelig utgang, noe som i dag er blitt svært sjelden.