I de fleste tilfeller er fordøyelsesforstyrrelser ikke relatert til lupus. Fordøyelseskanalen påvirkes sjelden under denne sykdommen. Fordøyelsesforstyrrelser er oftest relatert til medisiner, som for eksempel bruk av betennelsesdempende midler, syntetiske antimalariamidler eller immunsuppressiva. Det kan oppstå halsbrann, kvalme, magesmerter, dårlig fordøyelse eller til og med diaré. Noen symptomer er forbigående, spesielt de som er relatert til inntak av syntetiske malariamedisiner, og forsvinner spontant etter noen ukers behandling. I andre tilfeller kan halsbrann rettferdiggjøre en fibroskopi av magesekken for å sikre at det ikke er betennelse eller sår i slimhinnen. Stress, angst, tobakk og alkohol er også vanlige årsaker til fordøyelsesforstyrrelser. Mer unntaksvis kan det forekomme vaskulær involvering ved betennelse eller trombose i fordøyelseskarene. Pasientene beskriver da "kramper" i magen under fordøyelsen. Det kan også være funksjonell kolopati ("irritabel tarm"), som kan observeres i den generelle befolkningen.