Det er sjelden direkte relatert til sykdomsaktiviteten. Likevel klager pasienter med lupus ofte over hodepine. Som oftest er dette såkalt "spenningshodepine" forårsaket av stress og ikke direkte relatert til lupus (bortsett fra at stress kan være relatert til det å ha en kronisk sykdom).

Noen ganger er dette migrene som er ensidig og noen ganger innledes med synsforstyrrelser, eller bihulebetennelse som ikke er relatert til lupus. I sjeldne tilfeller kan hodepinen være tegn på en komplikasjon som er spesifikt relatert til lupus, som for eksempel hjerneslag eller høyt blodtrykk. I disse tilfellene motstår (eller er resistente mot) de vanlige behandlingene for smerte, de vedvarer i flere dager og er ofte ledsaget av andre symptomer. Det er nødvendig å raskt oppsøke legen din, som etter en detaljert klinisk undersøkelse vil vurdere behovet for å utføre ytterligere nevrologiske undersøkelser (CT-skanning eller MR-undersøkelse av hjernen).